Das Franz Marc Museum liegt besonders schön über dem Kochelsee mit Blick auf eine eindrucksvolle Bergkulisse. Diese Einbettung in die oberbayerische Voralpenlandschaft prägt die Architektur: Der Museumsbau öffnet große Fenster auf die Umgebung und bringt so Kunst und Natur in einen Dialog, der dem Betrachter vor Augen führt, dass die Maler des Blauen Reiters, die hier gelebt und gearbeitet haben, sich bewusst für die Natur als Lebensraum und Inspirationsquelle entschieden haben.
Damit thematisiert auch die Architektur die für das Museum zentrale Frage nach dem Verhältnis von Kunst und Natur. Die Züricher Architekten Diethelm & Spillmann, die das Museumsgebäude von 2008 entworfen haben, mussten das neue Museum architektonisch mit einer Villa der Jahrhundertwende verbinden, die die Gemeinde dem Franz Marc Museum 1986 zur Verfügung gestellt hatte. Auf dem Weg zum Museum durch den Park mit Skulpturen von Alf Lechner, Tony Cragg, Horst Antes, Renée Sintenis, Norbert Kricke und Per Kirkeby, sieht man zuerst diesen Altbau, hinter dem das neue Museum aufragt und den Besucher mit seinem großen Aussichtsfenster begrüßt.
Dieses Fenster im zweiten Obergeschoß des Museums wirkt wie ein Auge, das den Besucher zur Kunstbetrachtung einlädt. Zum Abschluss des Rundgangs im Museum bietet es einen spektakulären Ausblick auf See und Berge, auf ein großes Gemälde, das sich wie die Natur täglich verändert.
Der neue Bau, durch einen Innenhof mit der Villa verbunden, in der Restaurant und Verwaltungsräume untergebracht sind, wirkt formal streng, materiell hell und warm. Die Außenwände des Baus sind aus diamantgesägtem Crailsheimer Muschelkalk. Dessen natürliche Unebenheiten reflektieren das Licht und verbinden den Bau mit den vielen unterschiedlichen Strukturen der Natur in der Umgebung.
Auch im Innern des Museums kommt den Materialien, dem Parkettboden und den hohen Wandleisten und Türeinfassungen aus dunklem Holz eine wichtige Vermittlerrolle zu. Sie verleihen den Museumsräumen einen intimen Charakter, der auf den Ursprung der Sammlung in privatem Sammler- und Mäzenatentum verweist. Die unterschiedlich proportionierten Räume berücksichtigen die Formate der Kunstwerke. Kabinette bieten sich für die Präsentation von Zeichnungen und Graphik an, während der auf allen drei Ebenen sich öffnende große Raum mit quadratischem Grundriss Gemälden und Skulpturen den richtigen Rahmen bietet. Die kreisförmigen Deckenlampen verbreiten ein gleichmäßiges, gedämpftes Licht. Die leichten Sessel lassen sich verschieben und vor die Bilder rücken, die man intensiver betrachten möchte. Alles in diesem Haus ist auf ungestörtes, konzentriertes Sehen ausgerichtet.
Nach dem Museumsbesuch lädt das Museumscafé mit der großen Terrasse bei Kaffee oder Lunch und mit Aussicht auf See und Berge, die Eindrücke aus dem Museum nachklingen zu lassen.